Siden Philipp, den næstyngste søn af hertug Johann der Jüngere og Slot Glücksburgs byggemester grundlage denne hertuglinje, har medlemmerne af huset Slesvig-Holsten-Sønderborg-Glücksburg ført et våbenskjold. Siden 1559 førte næsten alle hertuger af Slesvig og Holsten dette våbenskjold. I hjerteskjoldet står våbnet fra grevskaberne Oldenburg og Delmenhorst. For Oldenburg findes to røde bjælker på guldgrund og for Delmenhorst et gyldent kors på blå baggrund.
Hovedskjoldet viser øverst til venstre Norges øksebærende løve. Denne løve står for "Arv til Norge". De efterfølgende våbenskjolde er forbundet med hertugtitlerne for Slesvig, Holsten, Stormann og Dithmarschen. For Slesvig er det de to blå løver på en gul baggrund og for Holsten det såkaldte nældeblad. Stormarn og Dithmarschen er symboliseret af svanen for Storman og rytteren for Dithmarschen.